Prostor Bosne i Hercegovine iako je veoma bogat vodom one su pretežno izuzetno zagađene. Izvori zagađenja vode dolaze prevashodno iz kanalizacionih mreža, zraka, od industrijskih postrojenja, hidrocentrala, a sve to kao posljedica neuređenih zakonodavnih okvira za očuvanje i zaštitu vode kao prirodnog BiH resursa, potom nepostojanja politika zaštite i očuvanja vode, veoma sporog procesa sanacije i rekonstrukcije kanalizacionih i odvodnih cijevi, sporog procesa ugradnje prečišćivača, općih političkih previranja i interesa, ali i radi izražene nesavjesnosti javnih upravnih tijela kao i općenito građanstva o značaju ovog prirodnog resursa. Uvidom u rezultate istraživanja evidentno je da u većini urbana područja imaju pristup vodi i kanalizaciji, dok takva situacija ne vrijedi i za ruralna i udaljena područja gdje neka poput npr. ruralna područja Kaknja nemaju pristup vodi. U određenim gradovima BiH poput Konjica i Mostara su prisutne tzv. „divlje otpadne vode“ što znači da stanovništvo za svrhe otpadnih voda kreira vlastite izlaze koji nisu sistematski niti planski uređeni. Pristutno je i zagađivanje turističkih potencijala poput Jablaničkog jezera i Neretve u koje idu otpadne vode i industrijska zagađenja. Radi opće zastarijelosti odvodnih cijevi i kanalizacionih mreža u gradovima Bosne i Hercegovine često dolazi i do otpuštanja podzemnih voda u kanalizacione mreže i otpadnih materija u okolno zemljište pa su tako evidentirani veliki gubitci vode kao npr. u Stolcu koji iznose preko 73%, kao i stvaranje „divljih otpadnih voda“ i zagađenje tla. Imamo i slučajeve nepropisne gradnje tzv. septičkih jama pa radi toga dosta otpadnih voda odlazi u podzemne čiste vode i na taj način vrše zagađivanje a sve radi nepristupačnosti kanalizacionih mreža u ruralnim područjima. Radi toga što većina gradova nema prečišćivače otpadnih voda kanalizacije tako postaju glavni zagađivači rijeka BiH poput Save, Une, Bosne, Vrbasa, Radobolje, Crnašnice, Trebišnjice i dr. Rijeke u većini gradova smrde i time narušavaju opću sliku i ugled gradova, njen turistički potencijal. Pored industrijskih postrojenja, hidrocentrale također predstavljaju izvore zagađivanja voda u BiH. U nekim rijekama poput Rzava i Lima radi neuređenih međunarodnih politika i odnosa se dopustilo da otpad iz industrijskih postrojenja zemalja regiona zagađuje ove BiH rijeke. Neplanska gradnja je također još jedan od uzroka zagađenja BiH voda. Također je evidentno da se voda za piće upotrebljava iz podzemnih voda koje se na ovaj način neproporcionalno i neplanski crpe, dok se okolne rijeke, izvori i jezera zagađuju, a predstavljaju potencijalni prirodni i dovoljan izvor čiste vode. Neke od rijeka su radi otpuštanja industrijskih otpada zagađene i teškim metalima koje tako narušavaju prirodni biodiverzitet voda uzrokujući na taj način ekološke katastrofe i pomore vodnog svijeta. Ista je situacija i radi nepostojanja institucionalnog nadzora nad primjenom umjetnih gnojiva i to pokraj vodozaštitinih zona. Neki gradovi su dobili velike iznose sredstava (preko 40 miliona) za izmjene vodovodnih cijevi, uvođenje prečićivača, izmjene kanalizacionih mreža i sl., no navedeni radovi u većini slučajeva ili nisu izvedeni ili je u nekom dijelu procesa došlo do zastoja. Pretežno su ti zastoji uzrokovani političkim previranjima i koruptivnim radnjama. Većinom su to sredstva stigla kao investicije Vlade Švedske, potom putem UNDP grant sredstava, potom grant sredstava od strane Fonda za zaštitu okoliša i sl. Postoje i neki rijetki pozitivni primjeri i prakse gdje građanstvo redovno obavlja čišćenja korita rijeke poput korita rijeke Vrbasa ili rijeke Bosne, no evidentno je da se opet isto mora vraćati iz godine u godinu na taj proces čišćenja jer radi nesavjesnosti pojedinaca ta korita se tokom godine opet napune raznim vstama otpada. U BiH gradovima u kojima je sprovedeno istraživanje ne postoje kažnjavanja građanstva, privatnih preduzeća i sl. koji uzrokuju zagađenja voda jer je isto vrlo teško zabilježiti i kasnije i dokazati. Sumirajući stanje u BiH gradovima u kojima je sprovedeno istraživanje je neophodno hitno izvršiti sanacije i promjene odvodnih i kanalizacionih mreža, uvesti adekvatne prečišćivače i kolektore voda, ukloniti mogućnost zagađenja od strane industrijskih postrojenja, uvesti bolje politike i zakonodavne okvire za svrhe zaštite voda i izvora, sistematski i planski vršiti sve vrste gradnji i općenito više ulagati u sisteme tehničke zaštite, bolje kontrole potrošnje vode, te na osnovu iste bolje formiranja cijena.